Amniyon sıvısı, koryon villus materyali ya da fetal kan örneği alınması sırasında anneye ait doku da çalışılacak fetüs materyaline karışabilir. Bu durumda çalışılan materyalin gerçekten çocuğa ait olduğunun anlaşılması için matarnal kontaminasyon çalışması yapılması önerilir.