Lupus antikorları, SLE, trombotik olaylar, tekrarlayan fetal kayıplar, trombositopeni ve çeşitli nörolojik bozukluklarla ilişkilidir. Diğer otoimmün bozukluklar, maligniteler, enfeksiyonlar ve bazı ilaçların kullanımında da (ör. fenotiazinler ve kardiyak antiaritmik ilaçlar) lupus antikoagülanları bulunabilir. Bu hastalarda aPTT gibi fosfolipide bağımlı invitro pıhtılaşma testlerinde uzama olabilir.