HBV enfeksiyonlarının erken evrelerinde antikor düzeyi düşük olduğundan serolojik testler yetersiz kalmaktadır. Bu nedenle virüsün doğrudan tespit edildiği duyarlı ve spesifik bir yöntem olan PCR kullanılır. Asemptomatik taşıyıcılar, antikorun henüz oluşmadığı vakalar, seropozitif annelerden doğan bebekler, immünolojik reaksiyon göstermeyen hastalar ve serolojik testleri pozitif olan hastalarda tanının doğrulanması ve tedavinin takibinde HBV DNA kullanılabilir.