Clostrium difficile, antibiyotik ilişkili ishal ve pseudomembranöz kolit etkenidir. Toksin A ve B olarak isimlendirilen iki toksini aynı zamanda salgılar. Toksin A sıvı kaybı, mukozal hasar ve intestinal inflamasyondan sorumludur. Toksin A’nın gaitada saptanması, mevcut diarenin nedenini belirler. Diare başlangıcından önceki son 8 hafta içerisinde antibiyotik kullananlar özellikle incelenmelidir. Ayrıca clostridium difficile taşıyıcılığı da yüksek oranlarda gözlenir.